.
B июле 1941 года заброшен со спецзаданием в Румынию.
После возвращения в августе 1941 года в составе группы НКВД участвовал в диверсионных рейдах в тылу противника, в минировании и уничтожении особо важных объектов, в экспроприации ценностей.
В ноябре 1941 года как хорошо знающий румынский язык и условия жизни в Румынии, был зачислен в ОМСБОН (отдельная мотострелковая бригада особого назначения) Особой группы 4-го Управления НКВД под командованием генерала П. А. Судоплатова, которая занималась организацией разведывательно-диверсионной деятельности на всех оккупированных территориях Советского Союза.
После окончания трёхмесячных курсов немецкого языка в школе НКВД в Уфе, где тогда находился эвакуированный штаб Коминтерна, многие члены которого также проходили соответствующую подготовку, Колесников вначале был зачислен в «советскую группу», а затем перевели в «немецкую», где все были в прошлом офицерами вермахта, не принявшими режим Гитлера, имели опыт борьбы с фашизмом в Испании.
B марте 1942 года Колесников заброшен в глубокий тыл противника. В течение 18 месяцев, до октября 1943 года, в составе разведывательно-диверсионной группы воевал в южных районах Белоруссии.
В ноябре 1943 года в очередной раз заброшен в тыл противника в 1-ю Украинскую партизанскую дивизию под командованием генерал-майорa С. А. Ковпака. Ковпак был ранен и вывезен на Большую землю, а командование принял полковник П. Вершигора.
Колесников воевал в составе дивизии до соединения с частями Красной армии в июле 1944 года. Был командиром взвода разведки, помощником начальника штаба дивизии по разведке. При этом имел своё, особое спецзадание по агентурной работе в тылу противника и контролировал поведение партизанских командиров, о чём докладывал в Москву Якову Серебрянскому независимо от командования соединения.
Колесников участвовал в партизанском рейде на Западную Украину и в Польшу.
Летом 1944 года партизанская дивизия взаимодействовала с наступавшими частями Красной Армии в ходе Белорусской стратегической наступательной операции.
На рассвете 2 июля 1944 года несколько десятков партизан под командованием Колесникова внезапным ударом захватили станцию на линии Минск — Барановичи с тремя эшелонами немецких танков, орудий, автомашин, угля и удержали её от вражеских атак до подхода передовых частей советских войск.
12 июля 1944 года отряд Колесникова захватил стратегический железобетонный мост через Неман. Получив сведения о подходе крупной немецкой колонны, выдвинулся ей навстречу, организовал засаду и разгромил её. Через несколько часов по неповрежденному мосту подошли советские танки. По мосту были переправлены два стрелковых корпуса.
В августе 1944 года Колесникова зачислен в оперативный состав 1-го Управления (внешняя разведка) Наркомата государственной безопасности (с 1946 года — Министерство государственной безопасности СССР).
С 1946 года Ю. А. Колесников — на нелегальной работе в Румынии. Оттуда под видом эмигранта переправлен в Палестину с целью создания первой постоянной советской агентурной сети на Ближнем Востоке. Выполнял диверсионные задания. Входил в «Группу Я», подчинявшуюся лично Сталину. Известно, что Колесников сыграл важную роль в доставке стрелкового оружия еврейским военизированным формированиям в Палестине.
По одним сведениям в 1948 году, в разгар кампании по борьбе с «безродными космополитами» Колесников был по приказу министра МГБ СССР Абакумова отозван из-за границы и уволен из МГБ.
По другим сведениям, был связан с органами до 1980 года и вышел в отставку в звании полковника.
В 1980-е годы курировал деятельность по возвращению бывших советских граждан из эмиграции. Живёт в Москве. Жена: Лариса Михайловна Колесникова.
Колесников — автор десяти книг художественной прозы, в том числе романов «Занавес приподнят», «Земля обетованная», «Особое задание», «Лабиринты тайной войны». Член Союза писателей СССР. Председатель комиссии по военно-художественной литературе Союза писателей Москвы, секретарь Исполкома Международного сообщества писательских Союзов (МСПС), лауреат премии имени К. М. Симонова.
Был заместителем председателя Антисионистского комитета советской общественности генерала Д. А. Драгунского.
Награды
Дважды во время и после ВОВ Колесников представлялся к званию Герой Советского Союза, однако получил его лишь после выхода на пенсию. Указом президента Российской Федерации № 1226 от 7 декабря 1995 года  за мужество и героизм, проявленные при выполнении специальных заданий в тылу врага в годы Великой Отечественной войны 1941—1945 годов Колесникову Юрию Антоновичу присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».Награждён советскими и иностранными орденами и медалями, именным оружием